《南渡北归》第二部，着重描述了抗战胜利前后，流亡西南的知识分子的学术追求、思想变化与不同的人生遭际，时间跨度约为抗战中后期至1948年末，国民政府抢运国宝与“抢救学人”计划，连同选举首届中央研究院院士为止。突出地再现了董作宾、李约瑟、童第周、陶孟和、沈性仁、梁思永、蒋梦麟、闻一多、刘文典、罗庸、郑天挺、吴晗等中外知识分子，在民族危亡的艰难岁月里，颠沛流离，不屈不挠的坚强意志。从不同的角度还原了西南联大学潮与闻一多被刺案真相，对自由知识分子群体于时代大潮中的分化与演变，作了深入细致的探究，被蓄意掩盖的历史隐秘得到了充分揭示。