洪武三十一年（1398年），朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆继位，改年号建文，称建文帝。自登基之后，朱允炆出台了“宽刑律”、“励耕织”、“轻徭赋"等一系列惠民政策，史称“建文新政"。“新政”的颁布使明朝的社会生产力得到了很好的发展，然而朱允炆却并未因此坐稳皇位，因急于削藩，就在其登基的第二年，诸藩王中权势最大的燕王朱棣以“清君侧"的名义举兵发动了“靖难之役”，并在经历了长达三年的拉锯战之后杀到了南京城下。
《茅山后裔之建文迷踪》讲述的是三年的励精图治．满腔的治国热血，换来的却是亲叔父的兵戎相见与守城将官的不战而降，面对城外的兵马，无路可退的朱允炆只得火烧皇宫。当朱棣进城之时．只见皇宫火光中天，却始终未见朱允炆的踪影。
朱允炆究竟去了哪里？茅山众弟子重现江湖，千古谜团即将解开…