魏晋南北朝是中国历史上政权更迭最频繁的时期。由于长期的封建割据和连绵不断的战争，使这一时期中国文化的发展受到特别的影响。其突出表现则是玄学的兴起、佛教的输入、道教的勃兴及波斯、希腊文化的羼入。在从魏至隋的三百六十余年间，以及在三十余个大小王朝交替兴灭过程中，上述诸多新的文化因素互相影响，交相渗透的结果，使这一时期儒学的发展及孔子的形象和历史地位等问题也趋于复杂化。
晋朝（265年－420年）上承三国，下启南北朝，属于六朝之一。分为西晋（265年－316年）与东晋（317年－420年）。司马氏在三国时期为曹魏世族，高平陵事变后掌握魏国政权。265年，司马炎逼迫魏元帝曹奂禅位，国号晋，即晋武帝。280年，西晋灭孙吴而统一天下，但是和平稳定的局面只维持了短短的十几年。晋惠帝继位后朝廷渐乱，领有军权的诸王纷纷争权，史称八王之乱。晋朝元气大伤后，内迁的诸民族乘机举兵，造成五胡乱华的局面，大量百姓与世族开始南渡。316年，西晋灭亡，北方从此进入五胡十六国时期。
317年，晋朝宗室司马睿于建康称帝，东晋建立，据有中国南方的领土。中原的世族及平民陆续南迁，形成中国北方侨民和南方土著聚居的局面。东晋初期，王导等人采取镇之以静策略，稳定局势。皇权衰落，朝廷大权主要由世族掌握，由于军权外重内轻，朝廷控制力弱，不少方镇心怀野心，先后发生了王敦之乱、苏峻之乱及桓温专政。虽然部分士族当权者有恢复之心，前后发动几次北伐，但是朝廷担心野心家借此扩张势力，大多消极支持。383年，前秦出动举国之师，意图灭亡东晋。面对亡国之祸，东晋君臣一心，凭借淝水决战奠定胜局。谢玄等将领乘胜追击，成功的收复大批失土，致使前秦崩解，引发了北方军事和政治格局的变化。然而，东晋后期又发生朋党相争及桓玄作乱。平民负担沉重，又发生孙恩、卢循之乱。谯纵亦据蜀地自立。最后刘裕崛起，平定诸乱，凭借军事力量夺得帝位，进入了南北朝时期。
南北朝（420年—589年）由420年刘裕篡东晋建立南朝宋开始，至589年隋灭南朝陈为止，上承东晋、五胡十六国，下接隋朝。因为南北两势长时间对立，所以称南北朝。南朝（420年—589年）包含宋、齐、梁、陈等四朝；北朝（439年 —589年）包含北魏、东魏、西魏、北齐和北周等五朝。
南朝皇族主要是寒门或庶族，因为军权逐渐由寒门或庶族掌握，所以能够篡夺皇位。初期经济逐渐恢复，军力强盛。由于战略错误与北朝军力强盛，使得疆界逐次南移。皇帝与宗室为了皇位时常血腥斗争。南朝梁受到梁武帝改善，使国力再度强盛。晚年国家糜烂，侯景之乱使南朝实力大减，并四分五裂，独霸政局的侨姓世族完全崩溃。虽由南朝陈的陈文帝统一南朝，但国力已衰，只能依长江抵御北朝。北朝承继五胡十六国，为胡汉融合的新兴朝代。北魏皇室为鲜卑族，汉族官员受五胡文化影响，多与胡人通婚，鲜卑皇室也受到汉文化的薰陶。北魏被北方的柔然牵制，直到较友好的突厥并吞柔然后才全力对付南朝。后期在六镇民变和农民暴动之后造成实力大衰。北魏分裂东魏及西魏后，不久分别被北齐及北周取代。北齐主要由六镇集团组成，初期军力强盛。北周鲜卑军比北齐少，政治地位不如南朝陈。最后借由宇文泰开创的关陇集团，吞并政治日趋腐败的北齐。周武帝去世后，汉人杨坚掌握朝廷，通过授禅北周静帝建立隋朝，经营八年之后，发兵灭南陈统一中国。在隋朝统一天下后，合并关东与江南人而形成新汉族，开创出具开放性和包容性的隋唐帝国。